Hasil kajian Aliansi Organis Indonesia (AOI) dan Circle Indonesia (CI) 2012 menunjukan, selama ini anggaran pertanian organik kecil. Akhir tahun 2000-an (2011-2012) anggaran belanja untuk pertanian organik hanya 1,1 triliun rupiah dari anggaran rata-rata 1300 triliun (0,1 persen) dan anggaran pertanian secara umum 6 persen dari APBN.
Abdul Ghofur, Konsultan Circle Indonesia dalam Media Gathering AOI-CI di Jakarta 27 Februari 2013 menyebutkan bahwa pada 2011 dari total anggaran 1,1 triliun rupiah, ada 4 program untuk pertanian organik, yaitu subsidi pupuk ke perusahaan pupuk, sistem pola tanam SRI (System of Rice Intensification), rumah kompos dan pengadaan pupuk ke petani. Sebagian besar alokasi anggaran ke subsidi pupuk organik melalui perusahaan pupuk, hampir 80%. Sementara alokasi anggaran langsung ke petani sangat kecil.
Yang penting alokasi anggaran pertanian organik kepada petani diatur dengan baik. Kelompok petani yang menerima ditata secara kelembagaan. Misalnya ketika dana 350 juta rupiah dalam bentuk bantuan sapi kepada petani Boyolali di Jawa Tengah untuk menghasilkan pupuk organik, hasilnya cukup baik.
